In Fruit Ninja snijdt de speler fruit met een mes dat via het touchscreen wordt bestuurd. Terwijl het fruit op het scherm wordt gegooid, veegt de speler met zijn vinger over het scherm om een snijdende beweging te maken en probeert het fruit doormidden te snijden. Extra punten worden toegekend voor het snijden van meerdere vruchten met één veegbeweging ("combo's" genoemd), en spelers kunnen extra vingers gebruiken om meerdere plakjes tegelijk te maken. Spelers moeten al het fruit snijden; als drie cumulatieve vruchten worden gemist, eindigt het spel, maar bij het bereiken van scores die veelvouden van honderd zijn en de spelers minstens een leven hebben verloren, krijgt de speler een extra leven. Er worden af en toe bommen op het scherm gegooid en het spel zal ook eindigen als de speler ze doorsnijdt.
Een modus die bekend staat als de Zen-modus stelt spelers in staat om hoge scores te zoeken zonder dat er bommen op het scherm verschijnen, maar spelers hebben maar een minuut en dertig seconden. Arcade-modus is vergelijkbaar met Zen-modus, behalve dat bommen slechts 10 punten aftrekken van de score van de speler in plaats van te verliezen en speciale bananen kunnen verschijnen die unieke bonussen hebben, zoals het verdubbelen van punten die voor een beperkte tijd worden gescoord, waardoor meer fruit van de zijkanten van het spelscherm wordt gegooid zonder risico bommen, of de tijd voor een paar seconden bevriezen. In Classic en Arcade worden af en toe speciale granaatappels op het scherm gegooid. In Arcade is het gegarandeerd dat aan het einde van elk spel (en pas aan het einde) een granaatappel zal verschijnen. Spelers kunnen er meerdere keren een slicen; alle segmenten verdienen punten als een multi-hit doelwit. Evenzo verschijnt soms een ultra-zeldzame dragonfruit in de Classic-modus die, indien gesneden, spelers vijftig punten oplevert.
